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  • Genome-scale transcriptome analysis in response to nitric oxide in birch cells: implications of the triterpene biosynthetic pathway.

Genome-scale transcriptome analysis in response to nitric oxide in birch cells: implications of the triterpene biosynthetic pathway.

PloS one (2015-01-01)
Fansuo Zeng, Fengkun Sun, Leilei Li, Kun Liu, Yaguang Zhan
RESUMEN

Evidence supporting nitric oxide (NO) as a mediator of plant biochemistry continues to grow, but its functions at the molecular level remains poorly understood and, in some cases, controversial. To study the role of NO at the transcriptional level in Betula platyphylla cells, we conducted a genome-scale transcriptome analysis of these cells. The transcriptome of untreated birch cells and those treated by sodium nitroprusside (SNP) were analyzed using the Solexa sequencing. Data were collected by sequencing cDNA libraries of birch cells, which had a long period to adapt to the suspension culture conditions before SNP-treated cells and untreated cells were sampled. Among the 34,100 UniGenes detected, BLASTX search revealed that 20,631 genes showed significant (E-values≤10-5) sequence similarity with proteins from the NR-database. Numerous expressed sequence tags (i.e., 1374) were identified as differentially expressed between the 12 h SNP-treated cells and control cells samples: 403 up-regulated and 971 down-regulated. From this, we specifically examined a core set of NO-related transcripts. The altered expression levels of several transcripts, as determined by transcriptome analysis, was confirmed by qRT-PCR. The results of transcriptome analysis, gene expression quantification, the content of triterpenoid and activities of defensive enzymes elucidated NO has a significant effect on many processes including triterpenoid production, carbohydrate metabolism and cell wall biosynthesis.

MATERIALES
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Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Squalene, ≥98%, liquid
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, ACS reagent, ≥99.0%
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, BioXtra, ≥99.0%
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Salicylic acid, ≥99%, FG
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USP
Salicylic acid, United States Pharmacopeia (USP) Reference Standard
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125 mg
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Supelco
Squalene, analytical standard
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, suitable for plant cell culture
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500 g
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Supelco
Salicylic acid, Pharmaceutical Secondary Standard; Certified Reference Material
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1 g
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, meets analytical specification of Ph. Eur., BP, USP, 99.5-100.5% (calc. to the dried substance)
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6 x 1 kg
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, puriss. p.a., ≥99.0% (T)
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Número de referencia del producto (SKU)Tamaño de envaseDisponibilidadPrecioCantidad
100 g
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MXP 880.00
500 g
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Sigma-Aldrich
Salicylic acid, ReagentPlus®, ≥99%
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500 g
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MXP 1,059.00
3 kg
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desde Toluca
MXP 3,835.00
Salicylic acid, European Pharmacopoeia (EP) Reference Standard
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Número de referencia del producto (SKU)Tamaño de envaseDisponibilidadPrecioCantidad
100 mg
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MXP 3,257.00
Supelco
Salicylic acid, certified reference material, TraceCERT®, Manufactured by: Sigma-Aldrich Production GmbH, Switzerland
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50 mg
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