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Merck

Inferring Active Metabolic Pathways from Proteomics and Essentiality Data.

Cell reports (2020-06-04)
Ariadna Montero-Blay, Carlos Piñero-Lambea, Samuel Miravet-Verde, Maria Lluch-Senar, Luis Serrano
RÉSUMÉ

Here, we propose an approach to identify active metabolic pathways by integrating gene essentiality analysis and protein abundance. We use two bacterial species (Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma agalactiae) that share a high gene content similarity yet show significant metabolic differences. First, we build detailed metabolic maps of their carbon metabolism, the most striking difference being the absence of two key enzymes for glucose metabolism in M. agalactiae. We then determine carbon sources that allow growth in M. agalactiae, and we introduce glucose-dependent growth to show the functionality of its remaining glycolytic enzymes. By analyzing gene essentiality and performing quantitative proteomics, we can predict the active metabolic pathways connected to carbon metabolism and show significant differences in use and direction of key pathways despite sharing the large majority of genes. Gene essentiality combined with quantitative proteomics and metabolic maps can be used to determine activity and directionality of metabolic pathways.

MATÉRIAUX
Référence du produit
Marque
Description du produit

Sigma-Aldrich
Glycérol, for molecular biology, ≥99.0%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
D-(−)-fructose, ≥99% (HPLC)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
D-(+)-Mannose, powder, BioReagent, suitable for cell culture
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
L-acide ascorbique, reagent grade
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
L-α-phosphatidylcholine, egg yolk, ~60% (TLC)
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
D-(−)-Ribose, 98%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
L-(+)-Lactic acid solution, in H2O, ≥85%
Référence
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Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
Pyruvate de sodium, ReagentPlus®, ≥99%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité
Sigma-Aldrich
L-Arginine, reagent grade, ≥98%
Référence
Conditionnement
Disponibilité
Prix
Quantité