OligoEvaluator™, l'outil de calcul de T_m et d'analyse d'amorces

Analyse d'amorces d'ADN ou d'ARN

OligoEvaluator est un outil d'analyse d'amorces oligonucléotidiques. Il analyse la propension à la formation de dimères d'amorces et de structures secondaires ainsi que les caractéristiques physiques des oligonucléotides. 

Nous sommes heureux de vous proposer OligoEvaluator™, notre calculateur de séquences d'oligonucléotides en ligne qui livre des valeurs d'analyse d'amorces pour la PCR :

• Nombre de bases
• Poids moléculaire
• Coefficient d'extinction
• Type d'oligonucléotide

• µg/OD à 260 nm
  
• Longueur (paires de bases)
• Température de fusion des amorces, Tm (°C)

• Teneur en GC (%)
  
• Queue GC
• Longueur amplifiée (pb)

• Structures secondaires
  
• Risque de formation de dimères d'amorces
  
• Lien vers la séquence BLAST

OligoEvaluator™ est facile à utiliser : sélectionnez ADN ou ARN, collez votre séquence et cliquez sur Calculer pour que l'outil renvoie les valeurs. Toutes les propriétés calculées peuvent être exportées dans une trame Excel simple et fonctionnelle.

Calcul des propriétés, remise en suspension ou dilution des oligonucléotides

OligoEvaluator™ comporte trois modules. Sélectionnez le module d'analyse (Analysis) pour étudier toutes les propriétés de jusqu'à 10 amorces à la fois. Les onglets Resuspension et Dilution permettent d'accéder à deux autres modules de calcul d'OligoEvaluator™.

Modules	Fonctions
Analyse	Saisissez jusqu'à 10 séquences à la fois et calculez automatiquement les valeurs de toutes les propriétés physiques importantes, comme le poids moléculaire, la température de fusion, la propension à la formation de dimères d'amorces et de structures secondaires (les informations relatives à la formation de dimères d'amorces et de structures secondaires sont présentées sous une forme facile à interpréter, par exemple "Secondary Structure – Strong")
Resuspension	Saisissez la quantité, la concentration souhaitée et la masse moléculaire, et calculez automatiquement le volume d'eau ou de tampon nécessaire à la remise en suspension d'un oligonucléotide sec
Dilution	Saisissez la concentration de la solution mère (de remise en suspension) ainsi que le volume final et la concentration finale souhaités, et calculez automatiquement le volume de solution mère à utiliser pour la dilution

Fonctions avancées du calculateur

Fonction	Description
Conditions réactionnelles	Vérifiez la propension à la formation de dimères d'amorces et de structures secondaires pour rechercher d'éventuels problèmes de repliement
Recherche BLAST	Vérifiez l'homologie de séquence des oligonucléotides

Conditions réactionnelles

Définitions et valeurs utilisées dans le calculateur OligoEvaluator™

Paramètre	Valeur
Concentration de l'oligonucléotide	Valeur par défaut : 250,0 nM
Concentration en ions monovalents	Il s'agit de la concentration de tous les ions monovalents (par exemple K+) présents dans le mélange réactionnel. Les ions K+ favorisent l'hybridation en réduisant la répulsion des charges entre les amorces chargées négativement et les "charpentes" de la matrice. Valeur par défaut : 100,0 mM
Concentration en ions Mg++ libres	Il s'agit de la concentration des ions Mg2+ (magnésium) dans le mélange réactionnel. Les ions Mg2+ sont un cofacteur indispensable des ADN polymérases thermostables. Valeur par défaut : 5,0 mM
[Na+] équivalente totale	La concentration équivalente en sodium est calculée comme suit : [Na+] = Concentration en ions monovalents + 4 × (Mg2+ libres) 1/2 (toutes les valeurs étant exprimées en molarité) Valeur par défaut : 382,84 mM
Température de calcul de l'énergie libre	Ce paramètre sert à calculer l'énergie libre de Gibbs (ΔG) selon la formule : ΔG = ΔH - T ΔS Valeur par défaut : 25,0 °C (298 °K).

Comment calculer la température d'hybridation d'une amorce ?

OligoEvaluator™ calcule la température de fusion des oligonucléotides. Saisissez simplement votre séquence dans le module d'analyse du calculateur et retrouvez la T_m dans la septième colonne du tableau. La température d'hybridation doit généralement être inférieure, de plusieurs degrés, à la valeur de la T_m. Pour en savoir plus, nous vous invitons à lire notre article sur la température de fusion des oligonucléotides.