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Merck

Chromatin-Bound Proteome Profiling by Genome Capture.

STAR protocols (2020-10-29)
Sergi Aranda, Eva Borràs, Eduard Sabidó, Luciano Di Croce
RESUMEN

De novo identification of chromatin interactors can reveal unexpected pathways relevant to physiology and human disease. Inspired by the DNA mediated chromatin pull-down (Dm-ChP) technology (also known as iPOND [isolation of proteins on nascent DNA]) for the proteomic characterization of nascent DNA, we have recently reported a new experimental protocol that allows for the identification of proteins on total DNA (iPOTD) for bulk chromatome profiling and de novo identification of chromatin-bound proteins. Here, we detail a step-by-step protocol to survey the cellular chromatin-bound proteome in a simple, robust, and unbiased manner. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Aranda et al. (2019).

MATERIALES
Referencia del producto
Marca
Descripción del producto

Sigma-Aldrich
Dimetilsulfóxido, Hybri-Max, sterile-filtered, BioReagent, suitable for hybridoma, ≥99.7%
Número de referencia del producto (SKU)
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Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Glicerol, for molecular biology, ≥99.0%
Número de referencia del producto (SKU)
Tamaño de envase
Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Sacarosa, for molecular biology, ≥99.5% (GC)
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
HEPES, BioPerformance Certified, ≥99.5% (titration), suitable for cell culture
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Fosfato de potasio monobasic, powder, suitable for cell culture, suitable for insect cell culture, suitable for plant cell culture, ≥99.0%
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Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
DL-Ditiotreitol solution, BioUltra, for molecular biology, ~1 M in H2O
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Glicina, BioUltra, for molecular biology, ≥99.0% (NT)
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Precio
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Sigma-Aldrich
Ácido clorhídrico, 36.5-38.0%, BioReagent, for molecular biology
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Cantidad
Sigma-Aldrich
Proteína LIF recombinante de ratón ESGRO®, ESGRO Leukemia Inhibitory Factor (LIF) supplement for mouse ES cell culture. Each vial contains 10^7 units/ml.
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Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Ácido L-ascórbico, reagent grade, crystalline
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Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Sodium orthovanadate, ≥90% (titration)
Número de referencia del producto (SKU)
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Cantidad
Sigma-Aldrich
β-Glycerol phosphate disodium salt pentahydrate, ≥98.0% (NT)
Número de referencia del producto (SKU)
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
TWEEN® 20, viscous liquid
Número de referencia del producto (SKU)
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Sodium deoxycholate, ≥97% (titration)
Número de referencia del producto (SKU)
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Disponibilidad
Precio
Cantidad
Sigma-Aldrich
Paraformaldehyde, reagent grade, crystalline
Número de referencia del producto (SKU)
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Cantidad
Sigma-Aldrich
Cloruro de magnesio hexahydrate, BioXtra, ≥99.0%
Número de referencia del producto (SKU)
Tamaño de envase
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Precio
Cantidad